Железнодорожные грузоперевозки делятся на два вида: местные перевозки, без пересечения государственной границы, и международные перевозки, во время которых государственная граница Эстонии пересекается не менее одного раза. 

Местные перевозки могут осуществляться как между грузовыми станциями, так и, например, внутри предприятия по его территории или между различными подразделениями предприятия, когда погрузка производится на территории такого предприятия.

Международные перевозки – это грузоперевозки с пересечением границы Эстонской Республики. Такие перевозки подразделяются на транзитные, экспортные и импортные.

Транзитной перевозкой считается перевозка груза через территорию Эстонской Республики. При этом не имеет значения, каким видом транспорта груз прибывает в Эстонию или отправляется из Эстонии, важно, чтобы груз хотя бы один раз пересек границу по железной дороге.  Сухопутным транзитом считается перевозка, если она осуществляется между пограничными станциями двух железных дорог, и груз перевозится только по железной дороге.

Экспортной перевозкой является вывоз груза со станции отправления в Эстонии через пограничную станцию. Импортная перевозка, в свою очередь, это ввоз груза из иностранного государства на станцию назначения, расположенную на территории Эстонии.

Международные перевозки осуществляются в соответствии со следующими нормативными документами:
• соглашение о международном грузовом железнодорожном сообщении (СМГС);
• международный железнодорожный транзитный тариф (MTT);
• тарифная политика (тарифное соглашение) железных дорог государств СНГ, Грузии, Латвии и Эстонии;
• правила перевозок AО «EVR Cargo».

Для оформления международных перевозок используются накладные СМГС, для местных перевозок – накладные EKS.